في مكة، تلتقي "آمنة" بـ "مريم" التي تعمل في منظمة إعلامية وتخطط للكشف عن الأسباب الكامنة وراء نهاية الحياة السياسية لوالد "آمنة". لا تفتأ "مريم" تسأل الشابة "آمنة"، طوال حديثهما، عمّا حدث مع شقيقتها. وفيما تسترجع "آمنة" ذكرياتها، تروي قصة شقيقتها "علياء" ووالدهما المتهم بجرائم مزعومة ضد الدولة والذي يرفض التخلي عن بيته وعن النهر. يتناول فيلم "النهر الأخير" قصة الإيمان والغدر والحب، ويكشف النّقاب عن العلاقات القائمة بين الأسرة والمجتمع وآلام استرجاع الذكريات.